Maasoord is in de oorlog niet ontruimd. Onder het personeel van de inrichting waren veel NSB’ers werkzaam. In het haventje werd zelfs een wachtpost ingericht. Steeds weer maakte de bezetters aanstalten om de inrichting te vorderen, maar geneesheer-directeur Johannes v.d. Spek wist dit door zijn overredingskracht steeds weer tegen te houden.

De kelderruimtes onder het zusterhuis, keuken en administratie gebouw werden ingericht als schuilkelders.

De Duitsers die hier kwamen voor inbeslagname van paviljoens werden met bordjes met opschrift ‘besmettelijke ziekten’ (er waren toen gevallen van difterie en roodvonk) afgeschrikt.

Binnen de inrichting waren felle politieke discussies tussen de werknemers die de NSB aanhingen en andere medewerkers. Wat er toe leiden dat de Sicherheitspolizei in november 1940 een bezoek bracht aan dr. v. d. Spek. Maar ook dit wist hij weer in goede banen te leiden.

Gedurende 1942 werd de deportatie van de Rotterdamse Joden geïntensiveerd, maar de ziekenhuizen en inrichtingen werden met rust gelaten. Hier kwam op 31 december 1942 een einde aan. Er werden razzia’s gehouden in Loosduinen, oud-Rosenburg, daar werden 100 Joodse patiënten afgevoerd. En in januari 1943 werd Het Apeldoorns Bosch, het Joods weeshuis, Joods bejaardentehuis en Joods ziekenhuis ontruimd. Op Maasoord dacht men of dat het voor de Joodse patiënten in de inrichting met zo veel NSB niet te gevaarlijk zou worden. Maar tegen alle verwachtingen in worden in het voorjaar van 1943 geen Joodse patiënten uit Maasoord weggevoerd. Dit ook weer door overredingskracht van dr. v. d. Spek.

Bij de grote razzia op 30 maart 1944 werd met een achttal overvalwagens, 30 rechercheurs en 70 soldaten gezocht naar Joden en onderduikers. Het bleek dat er verraad was gepleegd en dat er in de bakkerij een Jood bevond. Alles is goed afgelopen. Hoewel de Joodse patiënten voor een gedeelte reeds in de hal, nabij de uitgang, verzameld waren, mochten ze toch weer terugkeren naar hun paviljoens. Er werd ook geen enkele onderduiker aangetroffen, zodat iedereen hier kon blijven.